H εξειδικευμένη εκπαίδευση, έρευνα και κατάρτιση επιστημόνων υψηλού επιπέδου, ικανών να συμβάλλουν σε θεωρητικές και εφαρμοσμένες περιοχές στα γνωστικά πεδία της μεγιστοποίησης της αθλητικής απόδοσης και της άσκησης για πρόληψη και αποκατάσταση. Επιμέρους σκοποί του Π.Μ.Σ. είναι:
α) η έρευνα και η συνεργασία μεταξύ των πανεπιστημιακών Τμημάτων της Ελλάδας μέσα από ακαδημαϊκές δραστηριότητες κοινού ενδιαφέροντος (π.χ. διατμηματικά ερευνητικά προγράμματα, κοινά προγράμματα σπουδών κλπ.),
β) η έρευνα και η συνεργασία μεταξύ των πανεπιστημιακών Τμημάτων της ημεδαπής και αντίστοιχων Τμημάτων του εξωτερικού (π.χ. διευρωπαϊκά ερευνητικά προγράμματα, έρευνα, ανταλλαγές μεταπτυχιακών φοιτητών/-ριών, ανταλλαγές διδασκόντων κλπ.),
γ) η συνεργασία με παραγωγικούς, κοινωνικούς και ερευνητικούς φορείς, τόσο της Ελλάδας, όσο και του εξωτερικού, και η σύνδεση της ακαδημαϊκής γνώσης και θεωρίας με την πράξη και την αγορά εργασίας,
δ) η έρευνα μέσα από τα Εργαστήρια του ΤΕΦΑΑ ΑΠΘ,
ε) η συμμετοχή των φοιτητών/-ριών σε ερευνητικές δραστηριότητες και προγράμματα,
στ) η παροχή υψηλής ποιότητας γνώσεων και δεξιοτήτων για την αποτελεσματική εκπαίδευση του επιστημονικού και ερευνητικού προσωπικού,
ζ) η παραγωγή καταρτισμένων στελεχών σε γνωστικές κατευθύνσεις που δεν προσφέρονται σε άλλο ελληνικό ΤΕΦΑΑ και
η) η δημιουργία υποδομής για τη διαρκή ανανέωση και προαγωγή της εξειδικευμένης επιστημονικής γνώσης.